Dãy núi Stanovoy tạo thành đường ranh giới tự nhiên giữa Cộng hòa Sakha và tỉnh Amur, dãy núi này kéo dài trên toàn bộ đường ranh giới phía bắc của tỉnh. Thông lùn Siberi và lãnh nguyên núi cao mọc trên những vùng có độ cao lớn trên các ngọn núi này và các rừng thông rụng lá cùng các rừng bạch dương và thông mọc dọc theo các đồng bằng sông. Sông Zeya bắt nguồn từ các ngọn núi ở dông bắc tỉnh. Đoạn trung du của con sông lớn này bị ngăn đập và hình thành nên hồ chứa Zeysky rộng lớn, trải rộng ra 2.500 kilômét vuông (970 dặm vuông Anh) giữa dãy Stanovoy và một dãy núi chạy song song ở phía nam. Các vùng đất thấp giữa hai dãy núi này hình thành nên Đồng bằng Thượng Zeysky, mà chủ yếu là đồng lầy với các rừng thông rụng lá và rừng thông. Phía nam của dãy núi phía nam là đồng bằng sông Amur rộng lớn và chiếm 40% diện tích của tỉnh.

Dọc theo ranh giới phía đông của tỉnh Amur là một loạt các ngọn núi, chia tách tỉnh Amur với vùng Khabarovsk. Những rừng thông rụng lá và lãnh sam-vân sam tạo thành đầu nguồn của sông Selemdzha, con sông này chảy về phía nam rồi đổ vào Zeya, sông Zeya chảy tới Blagoveschchensk rồi hợp vào sông Amur. Đông nam của Selemdzha là sông Bureya và sông Arkhara, lưu vực của chúng vần còn các khu rừng phong phú nhất trong tỉnh với các loài như thông Triều Tiên (Pinus koraiensis), ngũ vị tử (Schisandra chinensis), sồi Mông Cổ (Quercus mongolica)), và các loài thực vật Mãn Châu khác. Các sông Zeya, Amur, và Bureya tạo thành một cái nôi của khu vực có tính đa dạng sinh học cao nhất tại tỉnh Amur —đồng bằng Zeysko-Burenskaya. Phần lớn đồng bằng này đã bị khai phá để phục vụ cho nông nghiệp, song vẫn còn lại các khoảnh đất hoang dã lớn.

Tài nguyên thiên nhiên

Tỉnh Amur có trữ lượng đáng kể của nhiều loài khoáng sản, trữ lượng khoáng sản đã được xác minh trên địa bàn tỉnh Amur có giá trị vào khoảng 400 tỉ USD. Trong số đó, tài nguyên quan trọng nhất là vàng (trữ lượng lớn nhất tại Nga), bạc, titan, molybden, wolfram, đồng, thiếc và các loại khác. Trữ lượng than đen mềm và than non được ước tính vào khoảng 70 tỉ tấn. Trữ lượng quặng sắt là khoảng 3,8 tỉ tấn. Trữ lượng tại mỏ Garin đã được thăm dò đầy đủ và người ta biết rằng nó có chứa 389 triệu tấn quặng sắt. Quặng có chứa tỷ lệ thấp các tạp chất bất lợi và có tỷ lệ sắt là 69,9%. Tỉnh Amur cũng là một nguồn cung cấp titan hứa hẹn, với Bolshoy Seyim là loại quan trọng nhất.[8]